Beim Abpumpen der Muttermilch ist sehr auf Hygiene zu achten. Bevor man mit dem Abpumpen beginnt sollte man gründlich die Hände waschen. Weiters ist darauf zu achten, dass das Gefäß in der die Muttermilch gesammelt und aufbewahrt werden soll, gut gereinigt und sterilisiert ist. Abgepumpte Muttermilch kann problemlos bei einer Zimmertemperatur von bis zu 25°C vier bis sechs Stunden aufbewahrt werden. Im Kühlschrank bei einer Temperatur von 4 – 6 °C kann man sie bis zu drei Tage lagern. Hier ist aber darauf zu achten, dass sie nie in die Kühlschranktür, sondern eher im hinteren Teil des Kühlschrankes gestellt wird. Denn dort ist es kühler und die Temperatur konstanter. Sie können Muttermilch ohne Probleme sogar bis zu sechs Monate in der Tiefkühltruhe einfrieren. Es muss dabei aber für eine Temperatur von -18 °C gesorgt sein.  

Was gilt es beim Einfrieren von Muttermilch zu beachten?
Zum Kühlen und Einfrieren sollte man die extra dafür entwickelten Behälter oder Beutel verwenden. Diese sind nämlich frei von Chemikalien und Weichmachern. Gut eignen sich auch Glas- oder Kunststoffflaschen, da diese leicht gereinigt werden können und mehrfach verwendbar sind. Zum Einfrieren sollten Sie Kunststoffflaschen am besten da diese  bruchsicher sind. Es gibt spezielle Muttermilchflaschen wie z.B. Lansinoh Muttermilchflaschen, die aus Polypropylen hergestellt werden und garantiert frei von Chemikalien sind. 

Für die Aufbewahrung im Kühlschrank eignen sich Glasflaschen besonders gut. Zum Einfrieren sind diese eher weniger geeignet, da das Glas durch starke Kälte platzen kann. Hervorragend zum Einkühlen und Einfrieren geeignet sind die so genannten Muttermilchbeutel. Einziger Nachteil: Sie können nur einmal verwendet werden. Auf gar keinen Fall sollten Sie irgendwelche „normale“ Gefrierbeutel verwenden. Bitte tragen Sie immer sorge das die verwendeten Gefrierbeutel auch zum Einfrieren von Muttermilch gedacht sind. Sie können sich von ihrer Stillberaterin oder im Sanitätshaus über die verschiedenen Produkte informieren und beraten lassen. 

Was gilt es beim Abfüllen von Muttermilch zu beachten?
Am besten füllt man die Milch gleich portionsweise (60-180 Milliliter) ab. Auf jeden Beutel oder jede Flasche sollte ein Etikett mit Datum der Abfüllung und Menge angebracht sein. Bitte beachten Sie: Muttermilch darf niemals in der Mikrowelle aufgetaut werden! Hierbei würden die antiinfektiösen Eigenschaften der Muttermilch weitgehend zerstört werden. Zum Auftauen stellt man sie besser ganz einfach in den Kuhlschrank. Zum schonenden Erwärmen von Muttermilch kann man auch einen Fläschchenwärmer oder ein Wasserbad verwenden. Die Milch darf dabei nur auf Körpertemperatur (ca. 37°C) erwärmt werden und sollte dann gleich verfüttert werden. Das Nichtgetrunkene darf nicht weiter aufbehalten werden. Am besten Sie entsorgen es sofort. Eingefrorene Muttermilch darf darüber hinaus auch niemals zweimal erwärmt werden. Dafür kann aber abgekühlte frische Muttermilch gerne mit eingefrorener Milch, zu ungefähr gleichen Teilen, gemischt werden. Durch das Einfrieren kann sich die Farbe oder das Aussehen der Muttermilch leicht ändern. Die Milch kann Ihnen dann bläulich oder grau erscheinen. Sie kann sich auch in Milch und eine Fettschicht trennen. Durch sanftes erwärmen verbinden sich die Schichten wieder und die Milch kann dann so gefüttert werden. 

Wenn die Milch nach dem Auftauen riecht oder leicht seifig schmeckt, ist die Milch deshalb nicht schlecht. Das liegt daran, dass der Enzymgehalt, Lipase genannt, erhöht ist. Sie können die Milch Ihrem Baby trotzdem ohne Bedenken geben. Es könnte allerdings sein, dass Ihr Baby wegen dem Geruch oder des Geschmackes die Milch nicht trinken will. Um das zu vermeiden empfiehlt es sich, die Milch nach dem Abpumpen auf 63°C zu erwärmen und diese Temperatur für 30 Minuten zu halten. Die wichtigen Nährstoffe werden hierbei nicht zerstört.